La battaglia dell'Upper Yard si è finalmente conclusa e con essa una guerra vecchia quattrocento anni. Tutti odono il rintocco della campana: gli Shandia, gli abitanti del cielo, la ciurma di Rufy e perfino la coalizione della montagna delle scimmie su Jaya. Cricket adesso sa che la città d'oro esiste davvero e si trova nel cielo. Abitanti del cielo e Shandia raggiungono l'Upper Yard, visto che sia Angel Island che il villaggio Shandia sono stati completamente distrutti. I guerrieri Shandia sono ancora vivi e così anche Pagaya. Chopper presta le sue cure ai feriti, mentre Gan Forr trova gli uomini del suo vecchio esercito che avevano costruito l'Arca Maxim e li restituisce alle loro famiglie. La campana, l'Arca Maxim ed Ener sono precipitati nel mare bianco. Ener, però è ancora vivo e, rimessa in moto l'arca, si dirige definitivamente verso il Warth Fatato. La notte vede abitanti del cielo, Shandia e pirati festeggiare insieme.
Ener usando il circuito Despair e i suoi poteri, crea un altro Raigo destinato a distruggere l'Upper Yard. Mentre Konis, Mckinley, gli Shandia e tutti gli abitanti del cielo pregano affinché Skypiea si salvi, Nami e Rufy saltano dal Giant Jack in direzione dell'arca. Rufy lancia di sotto Nami e il Waver per non farle correre pericoli ed entra nel cumulonembo. Il Giant Jack si spezza del tutto e cade sull'isola. Lanciando colpi potenti e veloci in ogni direzione e sfruttando la sfera d'oro che ha al braccio, Rufy riesce a distruggere il Raigo, attirando tutta l'elettricità con l'oro, salvando l'Upper Yard dalla distruzione. Ener adirato per il fallimento del suo piano attacca Rufy con una scarica da duecento milioni di volt, ma i fulmini sono del tutto inefficaci su Rufy. Rufy colpisce in pieno Ener e lo scaglia contro la campana, distruggendo così la sfera d'oro che aveva al braccio. Grazie a questo, dopo quattrocento anni, la luce di Shandora torna a far udire i suoi rintocchi.
Ener giunge per primo alla campana d'oro e si prepara a distruggere anche l'Upper Yard. Tutti i tentativi di Rufy di scalare il Giant Jack si rivelano inutili per via della sfera d'oro che continua a opprimere il suo braccio. Nami fa cadere dove sono i suoi compagni una foglia in cui è disegnato il seguente piano: distruggere la base del Giant Jack per farlo cadere a ovest, in direzione dell'Arca Maxim. Zoro, Usop e il serpente colpiscono la pianta, ma i loro colpi non sono sufficienti. Wiper intanto non riesce a capire perché Rufy voglia a tutti i costi suonare la campana. Robin svela a Wiper l'esistenza di Cricket, discendente di Noland, che è alla ricerca della città d'oro e spiega che Rufy vuole suonare la campana per dimostrargli che questa esiste davvero. Wiper distrugge allora la base del Giant Jack usando il Reject Dial. La gigantesca pianta comincia lentamente a inclinarsi, così Nami e Rufy usando il Waver, cominciano a percorrerla in direzione dell'arca, continuamente ostacolati da Ener.
Rufy raggiunge il tempio divino ormai praticamente distrutto. Cerca di salire ancora più in alto, ma Ener crea un Raigo, un'enorme sfera nera da cui vengono scagliati una grande quantità di fulmini, che distrugge gran parte di Angel Island. Rufy viene quindi raggiunto da Nami. Grazie alle parole di Robin intanto, Wiper scopre che la campana si trova in cima alla pianta ed è più che mai determinato a raggiungerla per farla suonare. Ma anche Rufy ha lo stesso obiettivo: vuole suonare la campana per farne udire i rintocchi a Cricket e dimostrargli che Noland stava dicendo la verità. Cerca quindi più volte di continuare a salire, ma viene ripetutamente fermato. Rufy comunque non si arrende e non presta ascolto a Nami, che lo invita a tornare alla Going Merry per fuggire da Skypiea. Ener nel frattempo, con un attacco di proporzioni gigantesche, cancella Angel Island dalla volta celeste.
Gli Shandia erano scontrosi nei confronti degli uomini di Noland perché aveva fatto tagliare una serie di alberi considerati sacri dagli abitanti di Jaya. Noland costrinse i suoi uomini a lasciare a terra tutto l'oro offerto da Calgara anche se l'aveva fatto per un motivo ben preciso: quegli albero erano non solo già morti, ma continuavano a portare la malattia che aveva afflitto gli Shandia. Quando Calgara lo scoprì, corse verso la spiaggia per chiedergli perdono e Noland promise a Calgara che sarebbe tornato. Noland tornò nel Mare Settentrionale e comunicò di avere trovato una città tutta d'oro. Il re dell'isola, avido d'oro, organizzò quindi una nuova spedizione nella rotta maggiore con lo scopo di arrivare a Shandora. In quel periodo però, la Knock up Stream scagliò una parte di Jaya nel cielo, che nel presente costituisce l'Upper Yard. I rintocchi della campana d'oro furono uditi ovunque nel cielo: iniziò quindi la plurisecolare lotta tra guerrieri Shandia e l'esercito divino per il possesso della terra sacra. Proprio in una di queste lotte, Calgara perse la vita. Noland riuscì a tornare a Jaya, ma non trovò più la città. Fu arrestato per avere detto una menzogna e fu giustiziato. Nel presente, Wiper vuole riprendere possesso di Shandora non solo perché è la terra dei suoi avi, ma anche perché vuole suonare la campana per mantenere la promessa fatta da Calgara: ciò che rende assai determinato Wiper è proprio quella grande ed eterna amicizia tra Calgara e Noland. Ener ad ogni modo, ha portato un violento attacco a Angel Island e si appresta a distruggere tutto. Rufy intanto continua a salire il Giant Jack.
Noland riesce a convincere Calgara di poter salvare il villaggio con delle speciali sostanze che è riuscito a trovare nella foresta. Calgara quindi dapprima uccide un gigantesco pitone, figlio del pitone ucciso in precedenza da Noland e poi lo salva. I due fermano il sacrificio dell'equipaggio di Noland e di Musse. Grazie alle sue conoscenze, Noland salva il villaggio dalla terribile epidemia. Noland e Calgara diventano grandi amici e lo stesso succede tra gli Shandia e l'equipaggio. Per premiare gli stranieri, la gente del villaggio consente a Calgara di condurre Noland e i suoi uomini a Shandora, la città completamente rivestita d'oro che gli Shandia difendono da secoli. Calgara permette agli uomini di Noland di prendere tutto l'oro e tutti i tesori che vogliono, mentre mostra a Noland la luce di shandora, la campana d'oro che da secoli fa udire il suo rintocco in tutto il tratto di mare circostante Jaya. Improvvisamente però gli Shandia, dopo notti intere passate a festeggiare con gli stranieri, si mostrano scontrosi e schivi.
Mentre Rufy e Nami continuano la scalata del Giant Jack comincia il lungo flashback di quattrocento anni fa sulla vera storia di Noland e di Personaggi di One Piece#Calgara#Calgara. Noland aveva la passione di botanica ed esplorava da due anni il tratto di mare in cui si trovava Jaya. Attratti dal suono di una campana, Noland e i suoi uomini attraccarono sull'isola. Gli abitanti di Jaya in quel momento erano colpiti da una violentissima epidemia che uccideva le persone e distruggeva i raccolti. Per fermare l'epidemia, il capovillaggio Pantri, poco prima di morire, suggerì di sacrificare alle divinità la fanciulla Musse. Recatosi all'altare dove stava avvenendo il sacrificio, Noland uccise il pitone gigante che stava per divorare Musse. Calgara infuriato per questa mancanza di rispetto nei confronti delle divinità attaccò Noland. Noland riuscì però a convincere gli indigeni di Jaya a farsi dare una possibilità per salvare il villaggio. Pantri gli concesse un giorno di tempo, quindi Noland iniziò a perlustrare l'isola alla ricerca del Kona, un albero da cui estrarre al corteccia, antidoto della malattia. Improvvisamente però un terremoto colpì Jaya, creando diverse crepe nel terreno. Noland rimase incastrato proprio in una di queste crepe, sotto lo sguardo quasi compiaciuto di Calgara.
Ener riesce a rimettere in moto l'Arca Maxim senza troppi problemi. Approfittando della sua assenza Usop, grazie al suo rampino, riesce a risalire sulla nave volante e a prendere Sanji. Dopo essere scesi nell'Upper Yard i due ragazzi e Nami si dirigono verso la base del Giant Jack. Rufy, Aisa e Pierre, scalando la gigantesca pianta incontrano Robin e gli altri ancora svenuti. Si scopre che la campana d'oro di Shandora si trova sulla cima del Giant Jack: è qui che Ener si sta dirigendo ed è qui che Rufy ha intenzione di raggiungerlo. Anche Nami Usop e Sanji incontrano Robin Aisa, Pierre e i compagni ancora svenuti. Poco dopo Zoro, Wiper e Gan Forr riprendono conoscenza, mentre Sanji e Chopper continuano a essere tramortiti. Nami decide di seguire con il Waver Rufy per fermarlo e convincerlo a fuggire. Nel frattempo, l'evacuazione di Skypiea prosegue a fatica ed Ener, tramite i cumulonembi inizia il suo distruttivo attacco.
